创始人石美玉医师。1873年生于湖北黄梅，是我国医学界最早留学美国的女医师，1896年毕业于密执安（Michigan）大学，归国后在九江创办但福医院及护士学校，并任中华医学会副会长。1920年自九江来上海创办伯特利医院（九院前身）。

1920年石美玉医师与其友人胡遵理教士自九江来上海，并创办伯特利教会。作为教会事工之一，她们在制造局路565号设立医院、护士学校，并相继设立小学、礼拜堂及孤儿院等机构，由石美玉负责。1922年，石美玉等买下制造局路639号内的几间民房，并对邻近的39亩荒地进行改造修建医院，这就是九院的前身。当时有9名医生、6名护士、3名职工。

1938年5月，遂在当时的法国租界内的复兴西路21号（原名伯赛仲路）租用房屋设立分院，在八仙桥西藏南路169号设立诊所。

1945年抗日战争胜利后，伯特利总院陆续复原。石成志代院长，梅国贞医务主任主持医院工作。1949年，病床增至60张，增设儿科、眼科、牙科、骨科。1951年伯特利医院一致请求政府接办医院，并订立爱国公约，同年8月，上海市人民政府派军代表正式接管伯特利医院。

1952年12月，伯特利医院更名为上海市第九人民医院，分院和诊所相继停止业务。1957年1月第九人民医院划归为上海第二医学院，作为儿科系教学基地。1958年10月，第二医学院将儿科系调整到新华医院，九院重新划归市卫生局，属蓬莱区领导。

1964年，第九人民医院再次划归上海第二医学院，作为口腔系教学基地，并陆续由瑞金及仁济医院抽调医务人员充实九院。

1965年12月，口腔医学系教学实习基地从广慈医院（瑞金医院前身）迁至上海第九人民医院。上海第九人民医院正式列为上海第二医学院口腔系教学医院。

1985年6月15日，经上海市人民政府批准，上海第二医学院改名为上海第二医科大学，医院更名为上海第二医科大学附属第九人民医院。1987年上海第二医科大学口腔医学系改名为上海第二医科大学口腔医学院，同年，成立上海市口腔医学研究所。1989年又成立上海市生物材料研究测试中心。