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上海市同济医院建立于1991年，隶属铁道部，冠名为上海铁道医学院附属甘泉医院，1995年获评上海第一批三级甲等综合性医院，同年与铁道学院合并医院更名为上海铁道大学附属甘泉医院，2000年,并入同济大学，更名为同济大学附属同济医院，2010年属地，划归上海市地方政府，隶属上海申康医院发展中心，由申康中心和同济大学共同管理，第一冠名上海市同济医院，第二冠名同济大学附属同济医院。是普陀区唯一一所集医疗、教学、科研及预防功能为一体的大型三级甲等综合性医院。医院占地62亩，建筑面积近10万平方米，万元以上设备2287台，拥有3.0T MRI、320排CT、带PET功能的单光子双探头可变角ECT、DSA，以及直线加速器等大型设备。现有员工1900余名，核定床位1100张，是国家临床药物试验机构、卫生部专科医师培训基地、上海市住院医师规范化培养和全科医师培养临床基地。承担了上海市西北地区400余万居民的医疗保健和一、二级医院疑难危重病人的会诊任务。
医院学科齐全、人才荟萃。拥有教育部重点实验室、教育部创新团队。目前临床医学一级学科进入上海一流学科Ｂ类建设计划，即上海市重点学科建设计划。形成了以心血管内科、骨科和消化内科为重点的优势学科群，其中心血管内科为上海市重点学科，医学影像科、儿科、精神医学科、妇产科、内分泌科、胸心外科和普外科为方向的重点培育学科群，以及以血液科、呼吸科、泌尿外科、肾内科、神经内科和皮肤科为代表的特色专科群。同时拥有"国家有突出贡献的中青年专家"、"国务院特殊津贴"、"全国'五一'劳动奖章"、"中国医师奖"获得者等一批高水平的专家。2010年，同济大学医学院干细胞研究同济医院临床转化中心成立，国家"千人计划"等一批学者落户医院。医院在脏器康复、生殖医学、干细胞等新兴领域前沿的研究和临床应用方面快速发展。
医院承担着硕士、博士研究生、本科生（七、八年制）教育、国家级和市级继续医学教育任务，建有临床医学博士后流动站，拥有临床一级学科博士学位授予权，硕士学位授予权，截至2013年底医院拥有博导41名、硕导89名。拥有教育部优秀骨干教师等为代表的高水平师资队伍、"卫生部医学视听教材上海制作基地"和"同济大学医学模拟教学中心"等现代医学教育示范基地。有着深厚的教学底蕴，有一支良好的教学师资和教学管理队伍，2014年有关全程教学体系及保障体系的建设获上海市教学成果一等奖，取得了包括华东赛区医学生技能大赛特等奖在内的一系列教学奖项和一批上海市重点课程、同济大学重点课程，在二次教育部本科教育评估中成绩优良。
医院高度重视科学研究发展，建有国家级国际科技合作基地“干细胞与再生医学国际联合研究中心”、"中美干细胞研究中心"、"SPF级动物实验室"及GMP细胞制备车间等转化医学研究平台。承担了“国家科技重大专项新药创制专项”、“国家973计划"、"国家863计划"、"国家科技支撑计划"和“国家国际科技合作项目”、“国家自然科学基金重大、重点项目”等重大科研项目。2013年，医院获批各级各类科研项目77项，其中包括国家自然科学基金重点项目、重大研究计划等国家级项目37项，当年外来科研经费达3034万元；发表论文309篇，其中包括《Science》、《Nature》、《Cell Stem Cell 》等SCI收录论文126篇，中华系列杂志论文70篇。医院累计申报国家专利94项，获得国家专利60项，获得国家自然科学奖二等奖、教育部科技进步奖一等奖、上海市医学科技奖一等奖等科研成果。
医院秉承求实、求精、求信、求达的院训，始终坚持公益性的办院方向，在卫生事业改革发展的历史进程中不畏艰难，锐意进取，形成了同舟共济，自强不息的院风。医院培育健康传播文化，积极参与援摩、援疆、援滇等医疗帮扶工作，坚持把提高人民群众的健康水平与提升医疗质量、培育医疗特色相结合，坚持温馨、便捷、优质的服务理念，在上海和全国的医疗卫生、教育科研事业中发挥了重要作用。