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厦门市中医院创建于1956年11月，是全国首批示范性中医院、三级甲等中医院，首任院长为全国著名老中医、爱国侨领陈应龙。历经半个世纪的发展，现为福建中医药大学附属医院、北京中医药大学厦门临床医学院、福建中医药大学临床医学院。医院在东南亚享有盛誉，是福建省对外中医交流的重要窗口。厦门市中医院现有职工1267名，其中主任、副主任医师180多名，享受国务院特殊津贴专家4名，硕士生导师16名，全国名老中医4名。开放床位900张（其中新院址设600张床位，原江头分院作为肝病、肛肠病治疗中心，设300张床位）。医院占地面积7.25万m2,建筑面积9.6万m2，年门诊量超过160余万人次，年出院病人超过2.5万人次，是目前福建省规模最大的综合性中医院。
厦门市中医院临床科室齐全，综合功能完善，中医特色鲜明。设有急诊科、内科、外科、中医外科、妇科、产科、儿科、针灸科、肿瘤科、骨科、骨伤科、肝炎科、传染病科、肛肠科、五官科、推拿康复科、美容科、检验科、放射科、物诊科、病理科、中心实验室等一级临床、医技科室，专科专病门诊数达67个。拥有全国重点专科专病：肝病中心和“慢性胃炎”专病；全国重点专科创建单位：肛肠科、中医儿科；福建省重点中医专科：肝病中心、肛肠科与糖尿病专科；福建省重点专病：慢性胃炎；福建省重点中医专科创建单位：中西医结合小儿科、中西医结合骨科、中西医胆胰专科。医院医疗设施先进，配置了8层螺旋CT、核磁共振、DR、西门子800MAＸ光机、贝克曼自动生化分析仪、东芝无暗盒遥控X线机、电子腹腔镜等价值1.5亿元的大型精密设备，拥有两个达到部颁二级标准的PCR实验室。近年来，医院加大培养和引进中西医高级人才的力度，组成了高素质的人才团队。
八十年代以来，随着厦门作为经济特区对外开放，先后有来自亚洲、欧美20余个国家和港澳台地区的外籍学者及华侨来医院进修学习。特别是1986年厦门市中医院筹建厦门国际中医培训交流中心之后，对外交流更加频繁，为弘扬祖国医学作出了积极贡献。2004年2月，经福建省卫生厅批准，医院正式加挂 “厦门华侨医院”牌子，全国侨联主席林兆枢先生亲自为厦门华侨医院揭牌。2006年5月,医院成立“港澳台侨胞诊疗中心”，为海内外侨胞提供祖国传统医疗服务。2008年，厦门市中医院成为国家中医药管理局中医药国际合作基地。2008年7月，在厦门市中医院成立了“厦门海峡中医药合作发展中心”，成为国家中医药管理局设在厦门的唯一开展两岸中医药交流的基地。
厦门市中医院今后将继续保持中医药在预防、保健方面的领先地位，同时融合现代医学精华，致力于民众的医疗救治、健康保障工作。做到急诊强、诊断明、特色足，疗效好，成为国内一流、省内领先的三级甲等综合性中医院。